Animes decken ein breitgefächertes Themenspektrum für alle Altersstufen ab. Von Literaturverfilmungen (z. B. Das Tagebuch der Anne Frank) über Horror bis hin zu Science Fiction werden nahezu alle Bereiche und Altersklassen abgedeckt. Auch gibt es Genres bei Anime, die ausschließlich in diesen und Mangas vorkommen (z. B. Mecha-Serien über überdimensional große Roboter). Auch Produktionen für Kinder können ernsthafte Themen haben oder realistischere Gewaltdarstellungen enthalten, als das in westlichen Produktionen der Fall ist. Aber auch sexuelle Anspielungen, bei denen sich die Charaktere zuweilen sehr freizügig geben, werden geduldet. Dies führt dazu, dass einige dieser Serien in anderen Ländern vor der Ausstrahlung nachbearbeitet werden.
Pornographische Animes, sogenannte Hentai, machen nur einen kleinen Teil des japanischen Kaufvideo-Marktes aus; im Fernsehen und im Kino werden diese in Japan überhaupt nicht gezeigt. Viele Animes beinhalten jedoch erotische Ansätze, ohne dem Hentai-Genre zugeordnet werden zu können, insbesondere die des Genres Etchi.
Anime- und Manga-spezifische Genre:
Etchi: Abgeleitet von der Aussprache des englischen Buchstabens H für „Hentai“. Japanisch für unanständige Sexualität. Diese Anime beinhalten nach der westlichen und insbesondere der deutschen Definition nur leicht sexuelle Andeutungen. In Japan ist Etchi und Hentai dasselbe, was sich vor allem durch die Wortbildung selbst erklären lässt.
Harem: Lose definiertes Genre in dem der Protagonist der Handlung von mehreren oder gar einer Vielzahl weiterer Charaktere anderen Geschlechts umgeben ist, die sich zu ihm hingezogen fühlen.
Hentai: japanisch für abnormal oder pervers. Dieser Begriff wird hauptsächlich von westlichen Zusehern für Anime mit pornographischen oder erotischen Inhalten genutzt. In Japan jedoch sind die Begriffe Poruno oder Ero gebräuchlich, um auf solches Material hinzuweisen.
Josei: ist das weibliche Gegenstück zu Seinen. Behandelt oft den Alltag oder auch das Berufs- und Liebesleben von jungen Frauen.
Kodomo (jap. für „Kind“): Produktionen für Kinder.
Magical Girl/Mahō Shōjo (jap. für „magisches Mädchen“): Bezeichnung für Geschichten von Mädchen mit magischen Kräften.
Mecha: Anime und Manga, in denen riesige Roboter vorkommen.
Seinen (jap. für „junger Mann“): Primäre Zielgruppe sind Männer im Alter von 18 bis 30 Jahren. Es werden meist anspruchsvollere, erotischere oder gewalthaltigere Inhalte thematisiert.
Sentai/Super Sentai (jap. für „Kampfteam“): Bezieht sich auf jede Sendung mit einem Team aus Superhelden.
Shōjo (jap. für „Mädchen“): Sendungen für weibliche Jugendliche, oft auch Liebesgeschichten.
Shōnen (jap. für „Junge“): Produktionen für männliche Jugendliche, oft auch den Genres Action, Science-Fiction und Fantasy zuzuordnen.
Shōnen Ai (jap. für „Jungen-Liebe“): Bezeichnung für Manga und Anime, deren Thema die Liebe und Romantik zwischen männlichen Charakteren ist. Diese Bezeichnung ist in Japan wegen der Andeutungen auf Pädophilie nicht gebräuchlich und wurde daher durch den Begriff Boys Love oder Ähnliche ersetzt.
Yaoi: wie Shōnen Ai, hat aber meist auch eine sexuelle Beziehung zum Thema. Zielgruppe sind Frauen.
Yuri: bezieht sich auf Anime und Manga, die Liebe und Romantik zwischen weiblichen Charakteren zum Inhalt haben. Das Genre wird in weniger expliziter Form auch als Shōjo Ai bezeichnet. Die Zielgruppe sind Männer.